Bir ABD denizaltısının yok edilmesi Amiral Tachibana için alarma yol açınca Godzilla, Japonya için uzak bir anıya dönüştü. Uzaklaştığı kızı Yuri, Japonya'yı, Pasifik çatışmasında çektikleri acıdan dolayı hem ülkeyi hem de halkını yok etmeye çalışan Godzilla'nın içindeki intikamcı ruhlara karşı korumak için ayağa kalkması gereken koruyucu canavarların efsanesini araştırıyor.