İnsanlığı yok etmeye çalışan, Melekler adı verilen korkunç yaratıkların sürekli saldırısı altında olan B.M. Özel Ajansı NERV, Tokyo-3 şehrinin savunmasına yardım etmek için iki yeni EVA pilotunu görevlendirir: gizemli Makinami Mari Illustrous ve yoğun Asuka Langley Shikinami. Bu arada Gendo Ikari ve SEELE, hem Rei'yi hem de Shinji'yi içeren gizli bir projeye devam eder.
İnsanlığı yok etmeye çalışan, Melekler adı verilen korkunç yaratıkların sürekli saldırısı altında olan B.M. Özel Ajansı NERV, Tokyo-3 şehrinin savunmasına yardım etmek için iki yeni EVA pilotunu görevlendirir: gizemli Makinami Mari Illustrous ve yoğun Asuka Langley Shikinami. Bu arada Gendo Ikari ve SEELE, hem Rei'yi hem de Shinji'yi içeren gizli bir projeye devam eder.